Südlich der Gnadenkapelle steht die zweitürmige gotische Stiftskirche St. Philipp und Jakob, die in ihrer heutigen Gestalt zwischen 1499 und 1511 als letzte gotische Hallenkirche Süddeutschlands entstanden ist.

Durch den großen Strom der Wallfahrer war der Bau schon zehn Jahre nach Beginn der Wallfahrt notwendig.

Die Kirche ist 52 Meter lang, 18 Meter breit und im Mittelschiff 13 Meter hoch. Die schlanken Türme haben eine Höhe von 48 Meter. Unmittelbar daran angebaut ist die Wohnung der ehemaligen Stiftspröpste.

Das Nord- und das Südportal aus dem beginnenden 16. Jahrhundert sind mit Reliefs geschmückt, die Portalfiguren wurden von einem unbekannten Meister gestaltet.

Im Innenraum befindet sich beim Nordportal eine Standuhr mit der Figur des Tod von Altötting.

Der Hochaltar stammt aus der Zeit um 1800. Das Altarbild aus dem Jahr 1796 von J. J. Dorner zeigt Maria als Helferin der Christenheit. Daneben stehen die etwas älteren Statuen der heiligen Rupert und Sebastian.